Apenas celebrados los cultos de marzo, que tuvieron lugar el domingo 8 de ese mes, decretó el Gobierno el estado de alarma y confinamiento, que se prolonga ya por más de tres meses, aunque en las últimas semanas ha permitido recuperar algo de la actividad social.
Durante este tiempo de clausura, nuestra Hermandad, como todas las demás, se ha visto privada de la presencia en los días santos de la Semana Mayor. Sin embargo, la Hermandad no ha permanecido ociosa, gracias a las posibilidades que ofrecen las redes sociales. Por medio de la plataforma Zoom los hermanos han podido participar en la oración colectiva, si cabe, con más asiduidad que de costumbre. El lunes 30 de marzo ensayó la Junta de Gobierno el rezo del Santo Rosario, que se abrió a partir del 1 de abril a todos los hermanos. Comenzó en este día la contemplación de los Dolores de Nuestra Señora, hasta el Martes Santo, que se rezó el Séptimo Dolor.
El Jueves de Pasión, 2 de abril, se rezó el ejercicio del Vía crucis, rememorándose también el traslado de Nuestra Señora al paso. El Martes Santo, 7 de abril, se sustituyó la estación de penitencia por el rezo del ejercicio de las Cinco Llagas. El Miércoles Santo se cerró esta serie de encuentros, unidos por la oración, con el ejercicio del Santo Vía Crucis en la víspera de la cena del Señor.
El Sábado Santo, 11 de abril, los hermanos pudieron seguir la veneración extraordinaria de la Sabana Santa, desde la Catedral de San Juan Bautista de Turín, ceremonia especial para pedir al Señor el cese de la pandemia de coronavirus, que presidió el arzobispo diocesano y custodio de la Síndone, Monseñor Cesare Nosiglia.
El 19 de abril, domingo I de Pascua, participaron los hermanos, mediante la plataforma Zoom en los cultos del mes de abril cantándose el Regina Coeli y rezando el Santo Rosario y el ejercicio de las Cinco Llagas Gloriosas; a continuación, los participantes siguieron la Santa Misa por uno de los canales que la emiten en directo.
Precisamente el 10 de abril abrió la Hermandad en pruebas el canal de YouTube, que se estrenó el 4 de mayo para transmitir en directo la Santa Misa de la Sábana Santa desde la capilla del palacio arzobispal de Turín, presidida por Monseñor Cesare Nosiglia, arzobispo de Turín y custodio de la Sábana Santa. Así mismo se pasaron por el canal de YouTube los 
cultos del mes de mayo, el día 10, V domingo de Pascua. Se transmitió la Santa Misa desde la basílica del Gran Poder en Sevilla, presidida por el rector de la misma, Rvdo. P. D. Francisco de Borja Medina-Delgado. Con este motivo la Hermandad ofrendó sendos ramos de flores a los venerados Titulares de la Hermandad sevillana.
El 13 de mayo conectó el canal de la Hermandad con el Santuario de Nuestra Señora de Fátima, para transmitir la Santa Misa, completada por el rezo del Santo Rosario por parte de los hermanos.
A principios de junio se alivió la reclusión y fue posible celebrar los cultos en el Juramento de San Rafael, que se recuperaron el domingo 7, Solemnidad de la Santísima Trinidad, cuya misa presidió D. Fernando Cruz-Conde.
El 9 de junio celebró la Hermandad la Santa Misa en acción de gracias en el trigésimo aniversario de la bendición de Nuestra Señora de la Presentación. Presidió la Eucaristía el Rvdo. P. D. José María Muñoz Urbano, vicario de Cristo Rey y sacerdote caballero eclesiástico de la Orden de Caballería del Santo Sepulcro de Jerusalén; hizo la monición el hermano Mayor y la lectura y salmo, N.H. Miguel Rodríguez-Pantoja Márquez.
En este tiempo, la Hermandad ha procurado atender, dentro de sus posibilidades, las graves carencias que ha sufrido la parte más necesitada de nuestra sociedad cordobesa, acudiendo a la llamada que se hizo desde la Agrupación de Hermandades y Cofradías por diversas instituciones.
Hermandad Universitaria 